Найдите ферменты для вашей целевой функции из протеома.
Пятиэтапная воронка сужает целый протеом до нескольких уверенных, подтверждённых докингом кандидатов — каждый этап отмечен в этой записи.
Определите семейство углевод-активных ферментов каждой последовательности.
Сравните с известными целевыми ферментами, чтобы зафиксировать гомологичных кандидатов.
Отметьте секретируемые ферменты и удалите почти дублирующиеся последовательности.
Предскажите карман связывания и оцените связывание субстрата.
Перекрёстно проверьте структуру и оценки самых уверенных кандидатов — включая ваши собственные модели AlphaFold3.
Просканируйте FASTA целого протеома, чтобы выявить ферменты-кандидаты для одной целевой каталитической функции.
Классифицируйте последовательности по семействам углевод-активных ферментов до любой последующей фильтрации.
Отметьте секретируемых кандидатов, затем предскажите уверенные структуры (ipTM / pLDDT) для выживших.
Оцените связывание субстрата в предсказанном кармане, затем перекрёстно проверьте второй оценочной функцией.
Укажите протеом, опционально референсный фермент и субстрат — затем запустите воронку.
Каждый этап сужает пул кандидатов. Запустите воронку, чтобы наблюдать продвижение по этапам.
Топ-20 кандидатов, отсортированы и отфильтрованы ниже. Разверните карточку для деталей структуры, последовательности и докинга.
Каждый сохранённый кандидат становится воспроизводимой записью с Entry ID, который можно цитировать в методах. Передача в оптимизацию кодонов и дизайн экспрессионной кассеты предзаполнит выбранную последовательность.
Интеграция рабочего пространства появится в следующей задаче — эта страница сейчас является предварительным просмотром фронтенда с примером данных.