Выберите штамм и целевой ген — получите ранжированные кандидаты sgRNA с PAM, баллом активности и риском нецелевых сайтов, а также левое и правое плечи гомологии.
От штамма и мишени к полному плану редактирования — пять этапов, каждый отмечен в этой записи.
Выберите из библиотеки 30 штаммов: бактерии, дрожжи и мицелиальные грибы.
Найдите ген по имени или ключевому слову, просмотрите повторы или вставьте голую последовательность ДНК.
Сканирование PAM, оценка активности и ранжирование риска нецелевых сайтов.
Построение левого и правого плеч с проверкой копийности и разрушением PAM.
Скопируйте формат заказа sgRNA и скачайте FASTA плеч гомологии.
Бактерии, дрожжи и мицелиальные грибы, каждый со штамм-специфичной аннотацией.
Ранжирование по баллу Azimuth и отметка попаданий MM0/MM1/MM2+.
Синонимичные замены PAM внутри плеч для защиты от повторного разрезания Cas9.
Длина плеч гомологии по умолчанию и рекомендация настраиваются под штамм.
Выберите штамм, укажите целевой ген (или вставьте последовательность) и запустите проектирование.
Наблюдайте за продвижением по этапам.
Ранжированные кандидаты sgRNA и плечи гомологии с копийностью и разрушением PAM.
Каждый сохранённый запуск становится воспроизводимой записью с Entry ID для цитирования в методиках. Передача в дизайнер экспрессионных кассет предзаполнит последовательность guide.
Сначала запустите проектирование, затем сохраните.