CRISPR 设计 — 为底盘中的目标基因设计 sgRNA 与同源臂

选择底盘与目标基因,即可获得带 PAM、活性评分与脱靶风险的 sgRNA 候选,以及左右同源臂。

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工作原理

从底盘与目标位点到完整的 CRISPR 编辑方案,五个阶段标注本条目中的每一步。

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    选择底盘

    从涵盖细菌、酵母与丝状真菌的 30 株底盘库中选择。

  2. 02

    选择目标位点

    按名称或关键词查找基因、列出重复元件,或粘贴裸 DNA 序列。

  3. 03

    sgRNA 设计

    扫描 PAM、评分靶向活性,并按候选的脱靶风险排序。

  4. 04

    同源臂设计

    构建左右同源臂,并做拷贝数与 PAM 破坏检查。

  5. 05

    导出

    复制 sgRNA 订购格式并下载同源臂 FASTA。

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功能

30 株底盘库

细菌、酵母与丝状真菌,每株带菌株特异的基因组注释。

活性评分与脱靶

按 Azimuth 评分排序,并标记 MM0/MM1/MM2+ 脱靶命中。

PAM 破坏

对同源臂内的 PAM 位点做同义突变,防止 Cas9 二次切割。

按物种设定臂长

同源臂的默认与推荐长度按底盘逐一定制。

CRISPRsgRNA同源臂PAM脱靶基因敲除
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输入

选择底盘、填写目标基因(或粘贴序列),然后设计。

要编辑的宿主生物。无基因组注释的菌株回退到参考株。

标准名、系统名、locus_tag 或功能关键词。

填写后改用序列替代基因搜索。基因模式还会设计同源臂。

这些选项应用于基因模式的同源臂设计。

对接到真实引擎运行。
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设计进度

分阶段观察设计进展。

等待输入
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    结果

    排序后的 sgRNA 候选与左右同源臂,附拷贝数与 PAM 破坏说明。

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    工作空间

    保存本次运行到工作空间

    每次保存的运行都会成为一个可复现条目,带可在方法学中引用的 Entry ID。交接至表达盒设计器会预填 guide 序列。

    先运行设计,再在此保存。