Задайте целевой продукт и шасси — получите ферментативные шаги, источники и план эксперимента для построения пути.
От названия продукта к полному пути — семь этапов, каждый отмечен в этой записи: от проверки шасси до плана оперона и RBS.
Подтвердите, что организм-шасси входит в поддерживаемый набор, прежде чем запускать проектирование.
Сопоставьте целевой продукт с курируемой библиотекой проверенных ферментативных шагов.
Соберите подтверждающие ссылки из двух независимых литературных источников.
Сгенерируйте цепочку ферментов, ограниченную библиотекой золотого стандарта и литературой.
Проверьте каждый фермент по правилам генома, реакций и якорей; отметьте и исправьте проблемы.
Классифицируйте каждый шаг как нативный, гетерологичный или сверхэкспрессию относительно генома шасси.
Разместите единицу экспрессии и силу связывания рибосом для собранных генов.
Проекты привязаны к курируемой библиотеке проверенных ферментативных шагов, а не к сырым догадкам модели.
Каждый шаг помечается как нативный, гетерологичный или сверхэкспрессия относительно выбранного шасси.
Каждый фермент несёт организм-источник и извлекаемый якорь последовательности для загрузки.
Черновой план с генетическими модификациями, мишенями нокаута и сверхэкспрессии для лабораторной работы.
Назовите целевой продукт и выберите шасси, затем запустите проектирование.
Наблюдайте за продвижением проектирования этап за этапом.
Спроектированный путь: ферментативные шаги, источники, обеспечение предшественниками, конкурирующие пути и план эксперимента.
Каждый сохранённый запуск становится воспроизводимой записью с Entry ID, который можно цитировать в методах. Передача в мультигенную сборку предзаполнит спроектированные ферменты.
Сначала запустите проектирование, затем сохраните его здесь.