代谢通路设计 — 从目标产物出发的生物合成路线

给出目标产物与底盘,即可得到构建通路所需的酶步骤、来源与实验方案。

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工作原理

从产物名称到完整通路,七个阶段标注本条目中的每一步——从底盘校验到操纵子与 RBS 方案。

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    底盘校验

    在任何设计运行前,确认底盘生物在受支持的集合内。

  2. 02

    金标准通路检索

    将目标产物与经过验证的酶步骤精编通路库进行匹配。

  3. 03

    文献检索

    从两个独立的文献来源拉取支撑参考文献。

  4. 04

    AI 通路设计

    生成受金标准库与文献约束的酶链。

  5. 05

    规则校验

    依据基因组、反应与锚点规则检查每个酶,标记并纠正问题。

  6. 06

    底盘分析

    对照底盘基因组,将每一步归类为内源、异源或过表达。

  7. 07

    操纵子与 RBS 方案

    为组装基因排布表达单元与核糖体结合强度。

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功能

金标准通路库

设计锚定于经过验证的酶步骤精编库,而非原始模型猜测。

内源与异源分类

每一步对照所选底盘标记为内源、异源或过表达。

可溯源酶来源

每个酶都带来源生物与可下载检索的序列锚点。

实验方案

包含遗传修饰、敲除与过表达靶点的湿实验草拟方案。

生物合成通路工程底盘酶筛选操纵子设计
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输入

命名目标产物并选择底盘,然后运行设计。

你想要生产的分子。常用名与学名均可。

承载该通路的宿主生物。

对接到真实引擎运行——约需一分钟。
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设计进度

分阶段观察设计进展。

等待输入
    05

    结果

    设计好的通路:酶步骤、来源、前体供给、竞争通路与实验方案。

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    工作空间

    保存本次运行到工作空间

    每次保存的运行都会成为可复现条目,带可在方法学中引用的 Entry ID。交接至多基因组装将预填设计好的酶。

    先运行设计,再在此保存。