给出目标产物与底盘,即可得到构建通路所需的酶步骤、来源与实验方案。
从产物名称到完整通路,七个阶段标注本条目中的每一步——从底盘校验到操纵子与 RBS 方案。
在任何设计运行前,确认底盘生物在受支持的集合内。
将目标产物与经过验证的酶步骤精编通路库进行匹配。
从两个独立的文献来源拉取支撑参考文献。
生成受金标准库与文献约束的酶链。
依据基因组、反应与锚点规则检查每个酶,标记并纠正问题。
对照底盘基因组,将每一步归类为内源、异源或过表达。
为组装基因排布表达单元与核糖体结合强度。
设计锚定于经过验证的酶步骤精编库,而非原始模型猜测。
每一步对照所选底盘标记为内源、异源或过表达。
每个酶都带来源生物与可下载检索的序列锚点。
包含遗传修饰、敲除与过表达靶点的湿实验草拟方案。
命名目标产物并选择底盘,然后运行设计。
分阶段观察设计进展。
设计好的通路:酶步骤、来源、前体供给、竞争通路与实验方案。
每次保存的运行都会成为可复现条目,带可在方法学中引用的 Entry ID。交接至多基因组装将预填设计好的酶。
先运行设计,再在此保存。