Multi-gene Assembly — сборка полной плазмиды из генных модулей

Добавьте или выберите модули, выберите маршрут сборки, затем доместицируйте сайты и назначьте швы, чтобы получить полную кольцевую плазмиду с праймерами и замечаниями о рисках.

01

Как это работает

От генных модулей к полной плазмиде — пять этапов, каждый отмечен в этой записи.

  1. 01

    Добавление модулей

    Соберите модуль из хозяина, промотора, CDS и терминатора — или вставьте целую последовательность.

  2. 02

    Выбор и порядок модулей

    Множественный выбор, перестановка и задание направления каждого модуля.

  3. 03

    Выбор маршрута и остова

    Выберите остов, маркер селекции и маршрут сборки (авто, in-vitro или in-vivo).

  4. 04

    Доместикация сайтов

    Сайты Type IIS (BsaI/BsmBI/BbsI) сканируются и очищаются автоматически.

  5. 05

    Сборка плазмиды

    Назначаются швы, собирается кольцевая плазмида и проектируются праймеры.

02

Возможности

Четыре маршрута сборки

In-vitro Golden Gate, иерархический MoClo, Gibson и in-vivo рекомбинация; авто выбирает по числу модулей и хозяину.

Автоматическая доместикация сайтов

Сайты Type IIS (BsaI/BsmBI/BbsI) сканируются и очищаются, чтобы не блокировать сборку.

Проектирование швов и праймеров

Швы назначаются между модулями; генерируются праймеры для колони-ПЦР и секвенирования.

Оценка рисков сборки

Отмечаются GC-окна, повторы и структуры «стебель-петля» перед заказом.

мультигенная сборкаGolden GateMoCloсборка плазмидыгенный модульдоместикация сайтов
03

Ввод

Добавьте модули в области ниже, затем выберите, упорядочьте и соберите их.

Хозяин, в котором экспрессируется модуль. Промоторы и терминаторы фильтруются по хозяину.

CDS используется как есть — оптимизация кодонов не применяется.

Работает на реальном движке.

Авто выбирает маршрут по числу модулей и хозяину; in-vitro — Golden Gate/MoClo/Gibson, in-vivo — рекомбинация.

04

Ход проектирования

Наблюдайте за этапами сборки.

Ожидание ввода
    05

    Результат

    Собранная плазмида с маршрутом, швами, отчётом о доместикации, праймерами для колони-ПЦР и списком рисков.

    06

    Рабочее пространство

    Сохранить этот запуск в рабочее пространство

    Каждый сохранённый запуск становится воспроизводимой записью с Entry ID, который можно цитировать в методах. Этот инструмент сохраняет собранную плазмиду — без дальнейшей передачи.

    Сначала запустите сборку, затем сохраните её здесь.