多基因组装 — 从基因模块构建完整质粒

添加或选择模块、选择组装路线,然后驯化位点、分配接缝,得到带引物与风险提示的完整环状质粒。

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工作原理

从基因模块到完整质粒,五个阶段标注本条目中的每一步。

  1. 01

    添加模块

    从宿主、启动子、CDS 与终止子构建模块,或粘贴整段序列。

  2. 02

    选择模块并排序

    多选、重排,并设定每个模块的方向。

  3. 03

    选择路线与骨架

    选择骨架、筛选标记与组装路线(自动、体外或体内)。

  4. 04

    位点驯化

    自动扫描并清除 Type IIS 位点(BsaI/BsmBI/BbsI)。

  5. 05

    质粒组装

    分配接缝、组装环状质粒并设计引物。

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功能

四种组装路线

体外 Golden Gate、层级 MoClo、Gibson 与体内重组;按模块数与宿主自动选择。

自动位点驯化

扫描并清除 Type IIS 位点(BsaI/BsmBI/BbsI),使其不阻断组装。

接缝与引物设计

在模块间分配接缝,并生成菌落 PCR 与测序引物。

组装风险评估

下单前标记 GC 窗口、重复与茎环结构。

多基因组装Golden GateMoClo质粒构建基因模块位点驯化
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输入

在下方添加模块,然后选择、排序并组装。

模块表达的宿主。启动子与终止子按宿主过滤。

CDS 原样使用 —— 不做密码子优化。

对接到真实引擎运行。

自动按模块数与宿主选择路线;体外为 Golden Gate/MoClo/Gibson,体内为重组。

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设计进度

分阶段观察组装进展。

等待输入
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    结果

    组装后的质粒,附路线、接缝、驯化报告、菌落 PCR 引物与风险列表。

    06

    工作空间

    保存本次运行到工作空间

    每次保存的运行都会成为可复现条目,带可在方法学中引用的 Entry ID。本工具保存组装好的质粒 —— 无下游交接。

    先运行组装,再在此保存。