粘贴蛋白序列并选择宿主，即可获得一个经密码子优化的转录单元（带筛选标记）——可以是线性表达盒，也可以是完整环状质粒。
从蛋白序列与宿主到完成表达盒，五个阶段标注本条目中的每一步。
粘贴氨基酸序列，并从 14 个宿主生物中选择一个。
针对宿主对 CDS 进行密码子优化，并按 CAI、GC 与稀有密码子评分。
按宿主挑选启动子、RBS 与终止子，每个都带文献来源。
将转录单元与筛选标记组装起来——线性或环状。
下载 FASTA/GenBank、复制序列，并将运行保存到工作空间。
细菌、酵母、丝状真菌、哺乳动物、昆虫、植物与无细胞体系。
CAI 前后对比、GC 含量、稀有密码子与针对所选宿主的约束检查。
每个启动子、RBS 与终止子都带文献来源与已验证标记。
带筛选标记的表达盒，或构建于宿主骨架上的完整质粒。
输入蛋白序列、选择宿主，然后设计表达盒。
分阶段观察设计进展。
组装好的表达盒，附元件选择、密码子报告、特征图谱、引物与可溯源来源。
每次保存的运行都会成为一个可复现条目，带可在方法学中引用的 Entry ID。可将所选元件交接至多基因组装以构建更大的结构。
先运行设计，再在此保存。